Töötajad
Martin Zobel
Taimeökoloogia töögrupi juht, taimeökoloogia professor, knd
martin.zobel [ät] ut.ee
Kirjeldan oma uurimistöös taimekoosluste mitmekesisuse muutumist ajas ja ruumis ning otsin selle varieerumise põhjuseid. Selle küsimuse lahendamisel tuleb kombineerida erinevaid aja – ja ruumiskaalasid (indiviidide interaktsioonidest evolutsioonilise ajalooni), samuti siduda erinevate taksonoomiliste rühmade (näiteks taimed ja seened) uurimine. Lisaks taimekoosluste bioloogilise olemuse mõistmisele vaatlen ka inimmõju taime ja seenekooslustele ning püüan leida inimmõju indikaatoreid.
Olen ajakirjade Journal of Vegetation Science ja Applied Vegetation Science toimetaja, IAVS-i (International Association for Vegetation Science) nõukogu liige, Eesti Teaduste Akadeemia liige ning globaalsete muutuste tippkeskuse EcolChange ("Ecology of global change: natural and managed ecosystems", 2016-2023) TÜ meeskonna juht.
Mari Moora
Koosluseökoloogia grupi juht, koosluse ökoloogia juhtivteadur, PhD
mari.moora [ät] ut.ee
Selleks, et mõista, miks taimekoosluste iseloom muutub ajas ja ruumis, on vaja tunda ökoloogilisi seoseid taimekooslustes. Minu uurimistöö käsitleb seda, milline roll on biootilistel interaktsioonidel taimekoosluste kujundajana. Millist rolli omab konkurents taimede vahel, või taimede üksteist soodustav mõju, koosluste kujundajatena? Kas kõige levinum sümbiootiline suhe taime ja seene vahel –mükoriisa – mõjutab taimedevahelisi suhteid ja seeläbi taimekooslusi? Milline on mükoriissete seenekoosluste liigirikkuse varieeruvus lokaalselt ja globaalselt, ning kuidas see seondub taimekoosluste struktuuri ja liigirikkusega? Minu viimase aja uuringud käsitlevad ka mükoriissete seente ja taimede seoseid üldisemas kontekstis – millised taimed on mükoriissed ja millised mitte, kas taimede ökoloogilised liigigrupid pakuvad oma juurtes eluaset erinevatele mükoriisaseentele, millist rolli mängib mükoriisne sümbioos taimeliikide levikus, võõrliikide invasioonis? Samuti pakub mulle huvi kuidas erinevad biootilised interaktsioonid (nt. konkurents ja mükoriisne sümbioos) samaaegselt taimepopolatsioonide ja – koosluste struktuuri mõjutavad.
Maarja Öpik
Molekulaarse ökoloogia töörühma juht, molekulaarse ökoloogia juhtivteadur, PhD
maarja.opik [ät] ut.ee
Minu uurimistöö keskseks teemaks on olnud arbuskulaarset mükoriisat (AM) moodustavate seente (alamhõimkond Glomeromycotina, krohmseened) molekulaarne kindlakstegemine ja määramine. Olen olnud krohmseente molekulaarsete uuringute eesliinil, arendades DNA järjestustepõhist krohmseente nimetamise süsteemi, mis ühildab seenekultuuridest ja keskkonnaproovidest pärineva info. See virtuaaltaksonite (VT) süsteem on rakendatud andmebaasis MaarjAM, mis koondab avaldatud teabe järjestatud krohmseente levikuandmete kohta. Meie töörühm jätkab selle süsteemi arendamist, andmete lisandudes ning andmemahtude kasvades.
Virtuaaltakson ning kasvava teabega andmebaas töövahenditeks, uurime, kuidas krohmseened elavad nii looduslikes kui inimmõjulistes keskkondades, suhetes teiste organismidega (nt peremeestaimedega või teiste mikroobidega) ning mis rollid neil on täita ökosüsteemides.
Alusteadmisi krohmseente ning laiemalt mullaelustiku kohta rakendame taimkatte taastamise, taimekoosluste suktsessiooni suunamise ning mahepõllumajanduse valdkondades. Need uuringud toimuvad tihedas koostöös meie teadus- ning rakenduspartneritega nii looduskaitse kui põllumajanduse valdkondades.
Olen ajakirjade New Phytologist, Fungal Ecology, IMA Fungus ja Plant and Soil toimetaja.
John Davison
Taimeökoloogia vanemteadur, PhD
john.davison [ät] ut.ee
Mina uurin erinevate bioloogiliste koosluste mitmekesisust ja koosluses toimuvaid interaktsioone, kasutades selleks bioinformaatikat ja statistilist analüüsi. Uurimistöö hõlmab keskkonnaproovide (muld, taimejuured) sekveneerimisel saadud suuremahulise molekulaarse andmestiku analüüsi. Samuti töötan ma välja ja rakendan randomisatsioonitestidel põhinevaid meetodeid koosluste ansamblireeglite uurimiseks.
Marina Semchenko
Taimeökoloogia vanemteadur, PhD
marina.semchenko [ät] ut.ee
Minu põhiliseks uurimisalaks on taimede evolutsiooniline ökoloogia. Mind huvitab kuidas liigi või populatsiooni evolutsiooniline taust kujundab taime reaktsioone ümritsevale keskkonnale ja mis mehhanismid peituvad nende reaktsioonide taga. Kas taimed reageerivad naabritele tajudes muutusi valguse keskkonnas või toimub informatsiooni vahetus hoopis maa all juurtest eralduvate eritiste abil? Mis rolli mängivad mullamikroobid taimedevaheliste interaktsioonide vahendajatena? Kas taimeliigid ja populatsioonid moodustavad sümbiootsete ja patogeensete mikroobidega spetsiifilisi suhteid ning mis rolli sellised seosed mängivad taimekoosluste kujundajatena? Kas üksikute taimede vahelised suhted jätavad jälje ka kogu ökosüsteemi toimimisele? Otsides vastuseid nendele küsimustele kasutan nii eksperimente ühe liigi üksikute taimedega laboritingimustes kui ka võrdlusi paljude eri liikide ja populatsioonide vahel või tervete koosluste vahel.
Olen Marie Skłodowska-Curie uurimisgrandi hoidja Tartu Ülikoolis ja lektor Manchester’i Ülikoolis, Suurbritannias. Samuti olen ajakirja Journal of Ecology kaastoimetaja.
Guillermo Bueno
Taimeökoloogia teadur, PhD
guillermo.bueno [ät] ut.ee
Mind huvitab, kuidas biootilised interaktsioonid (eriti taim-loom, taim-taim ja taim-seen) kujundavad taimekoosluseid erinevates ruumiskaalades piki keskkonna- ja globaalsete muutuste gradiente. Ma olen töötanud erinevates ökosüsteemides, kuid peamiselt alpiinsetes ja subarktilistes paikades. Oma uurimistööde raames olen kasutanud mitmesuguseid metoodikaid, mille eesmärgiks on mõista globaalsete muutuste ja häiringute ning nende kahe faktori koosmõju ökoloogilisi tagajärgi Minu töö Tartu Ülikoolis keskendub taimede ja seente vahelistele interaktsioonidele ja üritab mõista nende interaktsioonide suureskaalalist levikut ning nende rolli piki peamiseid keskkonnagradiente ja faktoreid, kaasa arvatud inimmõju.
Ma olen varem töötanud Pürenee Ökoloogiainstituudis (Pyrenean Institute of Ecology), kus ma uurisin metssea poolt tekitatud häiringute mõju kaitsealustele alpiinsetele rohumaadele. Alberta Ülikoolis Kanadas uurisin kliimamuutuste ja herbivooria koosmõju tundrataimestikule. Paralleelselt oma põhitööga olen tegelenud herbivooriavõrgustiku (Herbivory Network) loomise ja arendamisega.
Inga Hiiesalu
Ökoloogia teadur, PhD
inga.hiiesalu [ät] ut.ee
Minu peamisteks huvideks on koosluseökoloogia ja iseäranis see, mis toimub maa all. Uurin sümbiootiliste krohmseente (arbuskulaar-mükoriisat moodustavad seened) ja nende peremeestaimede liigirikkust pikki kõrgusvööndeid ning püüan selgitada, millised abiootilised ja biootilised tegurid liigirikkuse mustreid mõjutavad. Oma uurimussüsteemiks olen valinud ariidse Himaalaja mäestiku loodeosa, mis on justkui looduslik laboratoorium ning kus on võimalik katta kõrgusvahemik 2000-6000 m üle mere pinna. On hämmastav, et taimed on võimelised kasvama väga ekstreemsetes kõrgmäestiku tingimustes ning krohmseened võivad mängida olulist rolli kõrgmäestiku taimede kohastumises ja sealsete taimekoosluste kujunemises. Krohmseente liigilise koosseisu määramiseks kasutan järgmise põlvkonna sekveneerimist ja bioinformaatilisi analüüsimeetodeid. Lisaks krohmseentele uurin, milline on maakasutuse mõju taimede maa-alusele liigirikkusele pool-looduslikes niidukooslustes.
Kadri Koorem
Taimeökoloogia teadur, PhD
kadri.koorem [ät] ut.ee
Minu teaduslikud huvid keerlevad taimede biootiliste interaktsioonide ümber. Oma järeldoktorantuuris Hollandi Ökoloogia Instituudi (NIOO-KNAW) juures uurisin kliimamuutuste tagajärjel levikuareaali laiendavaid taimi. Tahan teada saada, kas nende taimede suhted neid ümbritsevate organismidega on uues areaali osas teistsugused, kui levikuareaali algupärases osas. Täpsemalt on minu huviorbiidis mullaelustik ja eriti arbuskulaar-mükoriissed ehk krohmseened, mis nende taimede juuri koloniseerivad. Kuna levikuareaali laiendavad taimed on uues areaali osas võõrliigid, on neid teadmisi vaja mõistmaks, kas need taimed võivad sealsetele kooslustele ohtu kujutada.
Surya Mudavasseril Sudheer
Taimeökoloogia peaspetsialist, PhD
surya.mudavasseril.sudheer [ät] ut.ee
Oma uurimistöös keskendun granuleeritud bioväetiste väljatöötamisele. Uurimisel olevate bioväetiste koostises kasutan Eesti põllumajandusmaastikele kohaomaseid krohmseeni mis võiksid aidata suurendada saake eriti maheviljeluse süsteemides. Lisaks sellele huvitavad mind interaktsioonid krohmseente ja teiste mullaorganismide vahel mis võiksid taimede kasvu mõjutada.
Jane Oja
Ökoloogia spetsialist, PhD
jane.oja [ät] ut.ee
Martti Vasar
Ökoinformaatika teadur, PhD
martti.vasar [ät] ut.ee
Minu põhiliseks eesmärgiks antud töögrupis on aidata botaanikutel lahendada suuremahulisi analüüse, kasutades selleks klasterarvuteid ja koostades erinevaid töövooge analüüside kiiremaks läbiviimiseks. Üheks põhiliseks tööriistaks on BLAST algoritmi kasutamine erinevate taimejuurte ning organismide sekventside võrdlemiseks. Koostöös teiste töörühma töötajate abil oleme välja töötanud töövoo erinevate proovide sekventside töötlemiseks ja analüüsimiseks.
Lisaks sellel aitan taimeökoloogia töörühmal luua metaandmeid sisaldavat andmebaasi "EcoBank", mis hakkab endas hoidma üle maailma kogutud proovide sekventse ja sinna juurde kuuluvat täiendavat informatsiooni. Andmebaas on kavandatud selliselt, et sellele oleks võimalik luua paindliku otsingusüsteemi.
Doktoritöö raames arendasin töövoo analüüsimaks sekveneerimisplatvormi Illumina järjestusi ning kuidas need on võrreldavad sekveneerimisplatvormi 454 järjestustega.
Siim-Kaarel Sepp
Taimeökoloogia teadur, PhD
siim-kaarel.sepp [ät] ut.ee
Mina keskendun peamiselt mullas elavate mikroobikoosluste (makro-)ökoloogiale. Uurime, kuidas on kas lokaalsel või globaalsel skaalal levinud erinevate mikroorganismide rühmad ning mis tegurid neid kooslusi mõjutavad. Samuti olen uurinud peremeestaime-eelistust AM seente ja taimede vahelises sümbioosis, kasutades võrgustikuanalüüsi meetodeid.
Mari Lepik
Taimeökoloogia teadur, PhD
mari.lepik [ät] ut.ee
Uurime ülemaailmse metaandmestiku abil kuidas kooskasvavate taimeliikide mükoriissus taimekooslustes varieerub (taimede liigiomane mükoriisatüüp ning mükoriissuse ulatus kirjanduse põhjal). Otsime taimekoosluste mükoriissuse mustreid nii ajas kui ruumis, lokaalsel ning globaalsel tasemel. Lisaks jälgime koosluste majandamisrežiimi muutmise mõju taimeliikide arvukusvahekordadele sõltuvalt nende liigiomastest mükoriisatunnuste väärtusest.